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前言（INTRODUCTION）
第一章 DISPLAY WINDOWS
一. 显示DNA 序列及图形
二. 显示蛋白质序列的方式
第二章 MOLECULE OPERATIONS
一. 对 PBR322’S 的常用数据（GENERAL DATA）进行编辑
三. 插入新的序列片段
四. 编辑 TC(R) 图示
五. 删除 P2_P 标示，并加入新的序列特征标示
六. 修改 MY PBR322 的起始坐标
第三章 GRAPHICAL REPRESENTATION
一. 为PBR322 图形建立一个展示窗口
二. 修改图形的自动排列设置
三. 修改图形的编码区信号（ CDS SIGNALS）设置
四. 打开图片编辑方式
五. 修改TC(R)图形
六. 加入批注注释
七. 将PBR322 分子显示结果保存到文文件文件中
第四章 BLAST SEARCH AND BLAST VIEWER
一. 简介
二. BLAST 搜寻窗口
三. BLAST SEARCH RESULTS
四. SAVING BLAST SEARCH RESULTS
第五章 ALIGNX
一. 开启与执行：
二. 参数设定与调整：
三. 数据输出与打印
第六章 ALIGNX-BLOCKS
一. 开启与执行：
二. 参数设定与调整：
三. 数据输出与打印
第七章 BIOPLOT
一. 开启与执行：
二. 数据输出与打印
第八章 CONTIGEXPRESS
一. INTRODUCTION
二. PROJECT EXPLORER
三. WORKING IN FRAGMENT WINDOW
四. WORKING IN THE CONTIG WINDOW
第九章 MISCELLANEOUS VECTOR NTI TOOLS
一. INTRODUCTION 63
二. PUBMED/ENTREZ SEARCH
三. CITATION VIEWER66
附记：如何执行反安装 前言（Introduction）
程序附带的数据库（Vector NTI database）包括：DNA/RNA 序列、蛋白质序列、限制酶、寡核苷酸、电泳marker。此外程序还提供数据库开发（Database Explorer）功能，使用者可以自己修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。
建立新序列数据（有四种方法）
用GenBank/GenPept， EMBL/SWISS-PROT 或FASTA、ASCII等格式输入DNA 或氨基酸序列。
以Copy/Paste 方式贴入，然后存到数据库中。
从其它序列檔、linker、载体中剪切、拼接而成新序列从DNA 或RNA 序列转译成蛋白质序列关于新序列的内部特征图谱(例如CDS、motif 等信息)，若是利用GenBank/GenPept， EMBL/SWISS-PROT or FASTA 等格式输入的序列，因为内含批注，所以都能直接显示，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑 第一章 Display Windows
目的：建立显示窗口，并对载体图、序列及批注进行操作
1.登录Vector NTI
安装后首次登录，系统将提示是否允许将新数据填入Vector NTI 数据库中，点OK。这样DNA molecules， proteins， enzymes， oligos， and gel markers 将组成NTI 的数据库。并出现下列两个窗口。
2. 观察出现的 Vector NTI 工作窗口 和 Database Explorer 窗口
这个窗口为工作窗口，由菜单栏和工具列两栏，移动鼠标到工 具栏任意选项处，鼠标将会自动显示每个工具列的功能
这个窗口为Database Explorer 窗口——local vector NTI database，显示的是上次打开的DNA/RNA 或蛋白分子。
一. 显示DNA 序列及图形
1. Create a Display Window for pBR322
打开Database Explorer 窗口——local vector NTI database 窗口中的DNA/RNA Molecules (MAIN) 数据库，找到pBR322 分子并双击打开。显示如下窗口：
2..观察pBR322显示窗口 上面的窗口由批注区（对该分子信息的文字描述，双击活页夹可 以看到）、图形区（标住限制酶位置等）和序列区（序列本文及限制 限制酶切位位）三个部分组成。
3.显示窗口的管理（透过拖拉标尺，改变窗口、或每个显示区 的相对大小）
4.转换pBR322’s图形区：在工具栏左边的activepane右侧有 三个按钮，用鼠标点当中那个（graphicspane）
5.对pBR322’s结构图进行操作：使用者可以尝试点选 、 、 ，此时图形的大小会发生变化。选取设定菜单 Editsetselection，输入100bp–1000bp，然后按OK.可以看到 所输入的选取区间在图形中以扇型框圈了起来.将鼠标移到选 取的5’端，可以看到，通过拖拉可以延长或缩短选区范 围，同样在3’端也能做到。如果使用者一次只想移动一个碱 基用直接拖拉就可能不方便，假如使用者想在5’端移动一个 碱基，首先将鼠标放到处，然后按住shift和键盘右侧的 或箭头，则可以按一次箭头移动一个碱基距离。如果一 次想移动10个碱基，则同时按住shift+ctrl+箭头。如果使用 者只是粗略选择，可以直接将鼠标移到图中，用十字花拖动。 将鼠标移到图的TCr处，此时鼠标箭头变成，并显示TCr 代表的含义，如果使用者此时按下鼠标，则TCr的coding region将被选取。
6.检查pBR322’snucleotide序列 移动标尺，尽可能将更多的PBR322序列显示出来，并点选序列 中任何一处。现在对序列显示的样式进行设定：点选 （Display Setup）按钮，显示moleculardisplaysetup对话框
使用者可以对序列的颜色、大小、10 个一组显示还是15 个一组（原始设定是10 个碱基一组），结构图的颜色、限制酶图谱（注意刚开始显示的PBR322 上限制酶并不多）、ORF、Motif 等进行设置。现在我们打算把序列字体的颜色由黑色变成绿色，显示全部PBR322 的限制限制酶切位位。操作如下：在刚才的窗口中点restriction map 下面的RMap setup 按钮，在出现的对话框中点Add，再在出现的对话方块中点select all，然后OK。点sequence 下面的sequence setup，可以看到序列长度的设置等，在color 栏中选green，一路点OK。此时显示如下：
可以发现所显示的限制限制酶切位位变多了，不过美中不足的是序列显示的是两条股（正股和互补股），实际上一条股就够了，还有最好再和编码的氨基酸一起显示。修改的方式如下：先选取全序列（Ctrl-A），点选工具列中的 （Translate Direct）图示即可将DNA 序列转译成蛋白质序列。此外也可以试着点选 左右两侧的图示。若是觉得限制酶的切位会干扰显示的情形，也可以将它去掉，如下图
7. 对 pBR322’s text 批注描述进行操作拖动标尺，使批注区尽可能拉大。选取Restriction Map 活页夹，然后找到工具列中的 Expand Branch 按钮，点它。其实这和双击 restriction map 活页夹是一样的，都是打开的意思，还有它左边的按钮。在找到Feature Map 活页夹，然后按 按钮。可以看到TC(R), 这是一个四环素抗性基因。
8. 将 pBR322’s 批注区和图区、序列区连接起来启动批注区，然后找到 （Link Panes）按钮，点选它可以将 PBR322 的图区上的所有标记都去除，成了一个圆圈。还有，序列区的限制酶切位标记也没了。要重新显示则请先点批注区的Restriction Map 活页夹，然后点按钮打开活页夹里面的分支。现在看看，限制酶切位又重新显示出来了。
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