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在Omiga中，用项目文件（.prj）管理所有序列及相关分析结果。而项目视窗则提供了你当前研究项目的完整显示。
一、生成一个Omiga项目：
1.1 选择Start |Programs |Omiga|Omiga。此时Omiga运行，并显示Omiga启动对话框。
1.2 在Omiga启动对话框，选择New project选项。
1.3 选择OK按钮。
1.4 在弹出的新项目对话框点按“创建新目录”图标。
1.5 给新建目录命名。
1.6 双击新目录，打开作为当前工作子目录。
1.7 在File name文本框键入新项目名。
1.8 点击Save按钮，在新目录保存新项目。
建立项目后，OMIGA项目视窗自动显示。
二、给OMIGA项目添加序列：
当前项目添加已有序列有两种方法：
用Import命令输入文件。
用Insert Files命令插入文件。
可以用Insert New命令在你的项目创建并加入新的序列。
1．输入序列：用File |Import命令可以给新项目输入序列。OMIGA自动识别标准的序列格式，如果格式OMIGA不能识别，Import As Format对话框的格式列表中就不会有加亮的条目。用View File按钮可以查看和编辑一个序列使之成为可以识别的格式。
2．创建新的OMIGA序列: 用File |New命令可以创建OMIGA格式（.seq）的新序列文件。
2．1 用鼠标左键选择“主项目目录”。
2．2 选File| New。新对话框显示，包括三个选项的列表，分别是创建蛋白序列、核酸序列、项目。
2．3 选择“核酸序列”。
2．4 选择OK， 保存对话框出现。
2．5 选取新序列要插入的目录位置。
2．6 在File name文本框输入序列名。
2．7 单击Save按钮，关闭对话框。序列视窗显示。
3．8 用IUPAC码输入序列。
3．9 用File |Save Sequence保存你建立的序列。
3．10 用Window| Project View返回项目视窗。
3．11 从主菜单选择File |Properties， 显示属性对话框。
3．12 选择对话框“化学”选项卡。可查看包括分子量、pI等新序列的化学属性。
3．插入已有序列： 通过File |Insert Files命令给一个项目添加已有的OMIGA序列文件（.seq）。
用Look in文本框右边的箭头按钮找到要插入的序列文件。
三、管理项目：
1．拷贝及删除文件：
4．1 在Windows资源管理器，找到要拷贝文件所在的目录。
4．2 选择文件。
4．3 单击右键，从弹出菜单中选择“拷贝”命令。
4．4 到要添加文件的目录。
4．5 单击右键，从弹出菜单中选择“粘贴”命令。
2． 捆绑一个项目： 可以捆绑一个项目，使项目中所有文件压缩到一个文件（.pak）。
5．1 用鼠标左键选择主项目目录。
5．2 选择File| Export，显示输出项目对话框。
5．3 用Save in文本框右边的按钮选择捆绑后的文件保存的路径和目录。
5．4 在File name文本框输入生成的新.pak文件名。
5．5 选择Save按钮捆绑项目，并关闭对话框。
5．6 “项目已成功捆绑”信息显示，点OK关闭这个信息。
四、使用OMIGA: 当添加或创建序列后，可用OMIGA进行一系列分析。
序列的组成成分。
查找酶切位点、编码区和基元序列。
查找PCR引物或测序引物。
评测用户引物。
用NCBI Blast和Entrez查询。
蛋白质二级结构预测。
多序列同源比较。
翻译和反向翻译。
使用鼠标右键的弹出菜单，显示对当前所选项目的所有可用操作。
6．1 选择序列。
6．2 点击鼠标右键显示弹出菜单。
五、 序列分析结果：
当查询结束后，查询结果可以用表格显示在“查询结果视窗”，或用图表显示在“特征视窗”。包括结果的文件夹出现在Tree部分的序列名下。可以从这个文件夹选择一个查询结果，用鼠标右键选择结果的图示或表格显示。查询结果与特征保存在.seq文件。这意味着：
插入序列文件到另一个项目，同时也插入了相关的分析结果与特征。
OMIGA序列文件可以和特征（感兴趣区域）一同输出。
可以放大特征视窗到残基水平，以便看清单个残疾，并可以显示六个读码框架。
六、据视图的关系：
序列视图与特征视图，序列视图与同源视图，是相互联系的。在这些视图显示同一序列，当在特征视图或同源视图加亮选择一个序列区域时，序列视图的同一区域也会加亮显示。序列中有特殊兴趣的区域可以通过建立一个“特征”做标记。
七、更新所有数据视图：
在序列视图编辑序列，选择Edit| Update Change可以使其他数据视图更新以便反映这些变动。
八、结果提交：
OMIGA的每种数据视图都可通过调节显示选项保证最有效的数据显示。
对显示满意时，可通过OMIGA打印，或保存为图形文件。特征视图或它的一部分可以保存为位图文件格式。特征视图与多序列同源分析视图可以保存为图元文件格式。
表格式结果可以拷贝粘贴到Excel电子表格。
多序列同源分析结果可以用.MSF文件输出，这样就可以被其他象Wisconsin Package这样的序列分析软件打开。 | 
