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JellyFish基于母序列的名称和碱基的数量自动给oligo命名。你也可在项目窗口中单击其文件名，键入新的名称给oligo重命名。
12.搜索序列按钮
使用此按钮可以在你的序列之内搜索特异的子序列。在文本框中输入你搜索的内容，然后单击搜索按钮。第一个被检索出的序列在序列窗口中被突出显示出来。再次单击搜索按钮,下一个检索序列也显示出来，依此类推。
四、限制性酶切面板
这一面板用于创建序列限制性酶切产物的图谱。它是在注释窗口中用图表形式显示出来的。酶切位点在注释窗口下面的窗口中显示出来。如图所示：
1.限制性酶切面板窗口介绍:
a. 在“cut with”下可选择任意一组酶或者选择“Edit Sets”由你自己 编辑想要的酶。
缺省设置为：
My Favorite Enzymes包括有你自己选择的酶，在JellyFish 中已在此项中缺省加入了一些常用的限制酶。
All Enzymes包括已知的所有的限制酶。
Include Isoschizomers包括所有的限制酶和同裂酶。
Edit Sets 允许你自己编辑、添加、删除各种酶。如果你选择了“Edit Sets”，将会出现一个对话框，这样你就可以自己重组 “My Favorite Enzymes”。
单击“+”按钮可添加限制酶，单击“-”按钮可删除限制酶，直接在对话窗中选定“My Favorite Enzymes”可给其改名，单击对话窗右侧的“New Enzyme Set” 按钮 添加新的文件。如要删除文件，只需选择它，然后单击垃圾按钮 即可
b. 限制性酶切面板可让你选择限制酶使用的次数，如果你要特别规定某一限制酶使用的次数，只需键入相应的数字后打回车即可。
2.限制酶的图形化显示
a．在绿色线条表示的序列上，酶切位点以黑线形式存在于注释框架中。
b. 在序列窗口中滚动找到限制酶所在的位置。
C．通过将鼠标箭头放在限制酶名称上可察看识别序列和确切的切口位点(用黄色显示)。
d. 鼠标右键单击限制酶名称可了解与这种酶有关的消化缓冲液和其它的一些条件。
3.项目统计
单击消化统计按钮 可出现一窗口，在其中排列着每种限制酶使用的次数以及每一酶切位点的切割位置。
五、排序面板
这面板可通过鼠标点击将序列进行排序。排序规则采用NPS的Clustal W算法。
1.有两种方法可选择用于排序的序列：
a．在项目窗口中选择序列，用鼠标将其拖曳到排序窗口中；
b．在项目窗口中选择序列，在排序面板中单击“add”按钮 。 添加其它序列可重复此过程。
2.单击“align”按钮 。
3.在出现的对话窗中输入排序的名称，单击“OK”，这时会出现安全注意窗口，它提醒序列数据将要被发出，询问你是否继续进行，单击“OK” 继续进行。
4.排序结果会在一新窗口中显示，为了对排序的序列重命名，可采用：
a．从“Actions”菜单中选择“Rename Sequences”。
b．在对话窗中输入新序列的名称。
5.当上述步骤完全后，排序就被添加到项目窗口中。
注：为了改变排序的颜色，选择“Actions”菜单下的“Set Colors”。
六、Oligos面板
此面板可显示在控制面板中建立的oligos文件的分析结果。你所选定的oligo序列在分析窗口的顶端出现。
如上图所示：在选定的Oligo序列上可见线性排列的核苷酸序列。通过单击核苷酸某一碱基可将其改为其它的碱基。
Oligo特性：
彩色方块代表所选Oligo序列中发夹结构（hairpins）、二聚体（dimers）、（runs）、回复子（repeats）所占比例的情况：
绿色：在oligo中没有找到hairpins, dimers, runs, or repeats
黄色：在oligo中发现有hairpins, dimers, runs, or repeats结构。
Oligo统计：
这个窗口显示与oligo有关的一些数据，包括Oligo长度，GC百分率，分子重量，Tm，dG，dH，dS，末端稳定性和GC发卡的情况。
Oligo定货：
单击“Sequence/Chemical Modifications”增加限制位点或者进行修饰。启动定货程序时，注明合成、净化和卖主情况，然后单击“Add to Shopping Cart”，在新出现的网页中选择你想要订购的Oligo即可完成订货。
七、PCR面板
使用此面板选择、修改并定购用于PCR的引物。下图是PCR面板的界面：
单击图中三个窗口("Forward Primer”“Product”或者“Reverse Primer")中的任意一个进行选择：
正向引物窗口（Forward Primer Window）：
这个窗口允许你为正向引物设置参数。为了定位引物，选择“Exact”或者“Range”。然后在下面的序列窗口中选定正向引物。如果你选择“Exact”，确切的起始和终止位置就自动地在序列窗口中显示出来。如果你选择了“Range”，确切的起始和终止位置也自动地在序列窗口中显示出来，但你可通过键入想要的碱基对来修改其长度（缺省长度为18～27个碱基对）。
在正向和反向引物本窗口中，如果你有一预知序列，可在“Search for Primer”中键入此序列进行检索，JellyFish仅能找到与其精确匹配或补充的序列。
产物窗口（Product Window）：
使用产物窗口设定产物的大小范围。在“Length”中输入相应的数字。
反向引物窗口（Reverse Primer Window）：
这个窗口允许你为反向引物设置参数。其方法与设定正向引物方法一致。
修改选择参数按钮 （Modify Selection Parameters Button）
JellyFish以缺省参数设置引物。为了改变这些参数，单击“Modify Selection Parameters”修改选择参数按钮。在出现的窗口中输入变化的参数。如果你输入一无效的数值，错误信息将提醒你加以改正。如果想恢复缺省设置，通过单击恢复缺省设置按钮。
产生引物按钮 （Generate Primers button）
一旦你完成了参数设定，单击“Generate Primers”按钮。PCR面板显示在标题“Results”下设计的引物和产物，如下图所示
(如果你想返回到“Primer Design”窗口,在面板顶端单击“Primer Design”即可。)
每一个引物名从左到右依次为待测序列文件开始的3个字母，一个下划线，引物的起始和终止位置，一个下划线以及大写子母F或R。F或R分别代表引物是正向引物还是方向引物。例如图中的引物之一T_1-25_.F。
每一产品的名称同样也包括序列文件的头3个子母，产物的开始和终止位置。双击每一引物名可对引物进行重命名、创建序列或者进行化学修饰。
每一个oligo旁边的彩色方块代表该oligo的性质：
绿色：平均值之上
黄色：平均值
红色：平均值之下
双击某一彩色方块可看到其代表的引物或产物的完整性质初。在出现的下拉窗口中，该彩色方块代表的引物或产物的性质和分类一目了然。hairpins, dimers, runs, and repeats情况也十分清楚。单击hairpins, dimers, runs, and repeats右边的彩色方块可看见更详细的信息。
为了建立自己习惯的正向和反向组合，把相关引物拖拽至“create your own primer pairs Combination”，一个新的产物和分类就产生了。单击产物名称和彩色方块可了解进一步的信息。
Oligo订购：
使用这一命令来订购你已设计好的oligos。点击oligos名称选定你要订购的Oligos。选择合成、纯化和供应商。单击“Add to Shopping Cart”按钮。系统将要求你提供Biowire的口令，随后一个新的浏览器窗口打开，当你输入一些必要的信息后，Oligo订购即可完成。你也可以存储输入的信息以便在以后订购中不必再输入重复的信息。
八、备注面板
此面板可将项目窗口中的有关文件作一备注并进行存储。选择一序列，然后选择备注面板，这时将出现两个窗口，如图所示：
1.上面的窗口是选择序列项目的备注区域。右边的窗口显示关于项目序列的有关信息。
2.下面的窗口是选择序列的备注区域。它右边的窗口显示相关序列的一些信息。你能随时编辑备注并存储它们。
九、Genbank面板
如果某一序列是从Genbank中下载的或是从Genbank中导出的，此面板可显示相关的Genbank记录。如果选择的序列不是来自于Genbank，这面板将是空白的。
注：你在控制面板中所作的注释将不能在Genbank记录中被反映出来。
十、统计面板
使用此面板可对选定序列的碱基组成进行统计，并能计算选定序列的分子重量和长度
十一、网络工具面板
此面板显示与项目窗口中选择序列有关的网络工具。
为了执行BLAST检索或者其它基于网络的序列分析：
1.单击你要使用的网络工具搜索按钮，可同时使用多种网络工具执行多重搜索。
2.当搜索进行时，搜索栏上可显示连接图标。
3.当搜索被完成时，检索标记显示在搜索栏中。
4.单击检查标记察看结果，这时因特网面板或外部浏览器被打开，相关结果在其中显示出来。
5. 在项目窗口中单击序列名称可返回到你的网络工具面板中，分析结果作为被分析序列的子文件存在于项目窗口中。
网络工具连接：
每一网络工具的名字都是一个衔接，如果你单击各网络工具名称，就会直接进入网络工具所在的主页中，在其中序列被添加搜索页中并进行检索。(单击搜索图标可除去这个步骤并直接进入结果页中。)只有被Biowire选择的网络工具才在网络工具面板上可供使用的。其它的工具将由你自己进行添加。用户可通过电子邮件jellyfish@biowire.com与此软件设计师联系将一些网络工具加入到JellyFish中。
十二、Internet 面板
这面板是JellyFish自己内部的浏览器。在缺省设置时是关闭的，你能通过在工具菜单中设定工具而激活它(即使它作为JellyFish窗口中的一个面板)，Internet面板显示从网络搜索工具检索所得的结果。通常这些结果是在外部浏览器中自动地打开的。你也可使用Internet面板进行网络冲浪：在底部的地址栏中输入正确的网络地址即可。
十三、菜单中的一些重要工具
FILE
“Export as JPEG”允许你以图象文件的格式进行存储。
TOOLS
使用“Configure Tools”选择你想要在主窗口中出现的面板，例如，如果你不需要Oligos面板，你可通过选择“Configure Tools”掩藏这个面板。
ACTIONS
环状注释（Circular Annotations）：选择actions菜单下的“Make Circular”,当前序列将以环形代替线性进行分析。在控制面板上，当选择了“Make Circular”，单击“Find ORF”按钮后，ORF以环形序列的形式出现。在限制酶面板中，当选择了“Make Circular”，消化产物统计以环状形式显示正确的序列大小。如果想将分析结果改回线性，在“ACTIONS”菜单中选择“Make Linear”。
以上就是JellyFish 软件的大略介绍，其中还有很多的功能由于时间问题没有介绍，这需要我们在以后的工作中自己加以体会。无论怎样，JellyFish作为一功能强大的软件包，将在我们工作中发挥更大的作用。
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